Բավրայի դպրոցը հիմնադրվել է 1961 թվականին։ Սկզբում գործել է որպես տարրական դպրոց, այնուհետև դարձել է ութամյա։ 1972 թվականին դպրոցի նոր շենքի կառուցումից հետո վերակազմակերպվել է որպես միջնակարգ կրթություն իրականացնող ուսումնական հաստատություն և մինչ օրս իրականացնում է հանրակրթության երեք աստիճանի ծրագրեր։

1988 թվականի ավերիչ երկրաշարժից հետո ուսումնական պարապմունքներն անցկացվել են գյուղապետարանի և զորամասի շենքերում, որից հետո դպրոցի բակում տեղադրվել են վագոն-տնակներ, և դասերը կազմակերպվել են այնտեղ։

Դպրոցի շենքային պայմանների բարելավման նպատակով 1972 թվականից հետո իրականացվել են մասնակի նորոգման և հարմարեցման աշխատանքներ։ 2000 թվականին դպրոցի մի մասը վերանորոգվել է «Կարիտաս» բարեգործական հիմնադրամի կողմից։ 2007 թվականին ևս կազմակերպության կողմից իրականացվել են վերանորոգման աշխատանքներ և կառուցվել է նոր մարզադահլիճ։

Դպրոցում միջնակարգ կրթություն են ստանում նաև հարևան Սարագյուղի հիմնական դպրոցի շրջանավարտները։ ՀՀ կառավարության 2023 թվականի նոյեմբերի 30-ի N 2093-Ն որոշման համաձայն՝ Շիրակի մարզի Աշոցք համայնքի Բավրա բնակավայրում ՀՀ կառավարության «300 դպրոց և 500 մանկապարտեզ» նորոգման, կառուցման և վերակառուցման ծրագրի շրջանակում ներկայումս կառուցվում է դպրոցի նոր շենք։

Դպրոցի մանկավարժական համակազմը համալրված է բարձրագույն կրթություն և համապատասխան մասնագիտական որակավորում ունեցող մանկավարժներով։ Դպրոցն աշխատում է միահերթ և հնգօրյա ռեժիմով։ Գործում են սովորողների հետաքրքրություններին համապատասխան մի շարք խմբակներ։ Ցածր առաջադիմություն ունեցող սովորողների համար իրականացվում են երկարօրյա ուսուցման խմբակի պարապմունքներ։

2013 թվականին դպրոցում ձևավորվել է նախակրթարան՝ 20 երեխաների ընդգրկվածության համար համապատասխան պայմաններով։ Դպրոցում ուսուցանվող օտար լեզուներն են անգլերենը և ռուսերենը։ Ներկայումս ներառական կրթություն է իրականացվում 3 սովորողի համար։